取引先からメールで届いた請求書のPDF、通販サイトからダウンロードした領収書、クレジットカードの利用明細。こうしたデータでやりとりした書類を印刷して紙で綴じるだけでは保存義務を果たしたことにならない、と聞いて不安になる担当者は珍しくありません。一方で、社内の帳簿をすべて電子化しなければならないと誤解しているケースもあります。
電子帳簿保存法は3つの区分に分かれていて、そのうち対応が必要なのは1つだけです。残る2つは希望する事業者だけが選ぶ制度で、選ばなくても違反にはなりません。この切り分けを先に押さえると、着手すべき範囲はかなり絞り込めます。
この記事では、3区分の違い、電子取引データ保存の要件、検索要件が軽くなる条件と猶予措置の考え方、紙とデータが混在する現場での進め方を、国税庁の資料を引きながら整理します。個別の判断は顧問税理士や所轄の税務署にご相談ください。
電子帳簿保存法の3つの区分と、対応が必要なのはどれか
電子帳簿保存法は、税法上の保存が必要な帳簿や書類を電子データで保存することに関する制度です。国税庁はこれを「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3つに区分しています。押さえたいのは、3つが並列の義務ではない点です。前の2つは希望する事業者が選ぶ制度で、選ばなければ従来どおり紙で保存すれば足ります。3つ目だけが、法人・個人事業者を問わず対応が必要です。
| 区分 | 内容 | 位置づけ |
|---|---|---|
| 電子帳簿等保存 | 自社が最初から一貫してパソコン等で作成した帳簿・書類を、印刷せず電子データのまま保存する | 希望者のみ |
| スキャナ保存 | 取引先から受領した紙の領収書・請求書等を、スキャナやスマートフォンで読み取って保存する | 希望者のみ |
| 電子取引データ保存 | 注文書・契約書・送り状・領収書・見積書・請求書などに相当する電子データをやりとりした場合に保存する | 法人・個人事業者は対応が必要 |
区分の名前は似ていますが、対象書類の「入り口」が違います。電子帳簿等保存は自社がゼロから作ったもの、スキャナ保存は紙で受け取ったもの、電子取引データ保存はデータで受け取った、あるいはデータで送ったものです。この入り口で整理すると、社内の書類をどの区分に振り分けるか迷いにくくなります。
電子帳簿等保存（希望者のみ）
会計ソフトで作成している仕訳帳や総勘定元帳、パソコンで作成した請求書の控えなどが対象です。プリントアウトせず電子データのまま保存できるという選択肢を与える制度なので、紙に出して保存する運用を続けても問題ありません。
さらに、一定の範囲の帳簿を「優良な電子帳簿」の要件を満たして保存している場合、後から関連する過少申告が判明しても過少申告加算税が5%軽減される措置があります。ただし、あらかじめ届出書を提出しておく必要があり、後から遡って適用することはできません。
スキャナ保存（希望者のみ）
決算関係書類を除く国税関係書類、つまり取引先から受領した紙の領収書や請求書などが対象です。原本の紙を保存する代わりに読み取った画像データを保存できるため、書類の保管スペースを減らしたい事業者が選びます。こちらも任意で、紙のまま保管し続ける判断で問題ありません。
電子取引データ保存（対応が必要）
申告所得税・法人税に関して帳簿や書類の保存義務がある事業者は、注文書・契約書・送り状・領収書・見積書・請求書などに相当する電子データをやりとりした場合、その電子データを保存しなければなりません。従来は出力した書面での保存も認められていましたが、令和3年度の税制改正でその取扱いが廃止され、以降は原則としてデータそのものを残す必要があります。
電子取引データ保存の対象になるやりとりの具体例
対応すべきなのは電子取引データ保存だと分かっても、次に「どのやりとりが該当するのか」でつまずきます。判断の基準は、紙なら保存が必要だった書類に相当する情報をデータで授受したかどうかです。受け取った場合だけでなく、自社から送った場合も対象になります。逆に、紙でやりとりしたものをデータ化する義務はありません。
国税庁は一問一答のなかで、次のようなケースをいずれも電子取引に該当すると整理しています。
- 電子メールで請求書や領収書等のPDFファイルを受領した場合
- 取引先のWebサイトから請求書等をダウンロード、またはWeb画面上の領収書のスクリーンショットを利用した場合
- 電子請求書・電子領収書の授受に使うクラウドサービスを利用した場合
- クレジットカードの利用明細、交通系ICカードやスマートフォンアプリの決済データ等を活用したクラウドサービスを利用した場合
- 特定の取引に係るEDIシステムを利用した場合
- ペーパーレス化されたFAX機能を持つ複合機を利用した場合
見落とされやすいのは、メール本文に取引情報が書かれている場合です。添付ファイルだけでなく、本文に金額や取引条件が記載されているならメールそのものが保存対象になります。また、メールやクラウドでやりとりする労働条件通知書や雇用契約書も、契約期間や賃金といった取引情報が記載されているため電子取引に該当すると国税庁は説明しています。経理だけの話として切り出すと漏れるのは、この種の書類が総務や人事の側にあるからです。
一方で、すべてのファイルを残す必要はありません。連絡ミスによる誤りや単純な書き損じがあるもの、検討段階で作った正式な見積書前の粗いもの、取引を希望する会社から一方的に送られてくる見積書などは保存の必要はないものと考えられる、というのが国税庁の整理です。迷うものが出たら電子帳簿保存法一問一答（Q&A）の該当する問を確認し、それでも判断がつかなければ税理士に相談するのが確実です。
保存の要件は「改ざん防止」と「見られる状態」の2本柱
電子取引データは、ただフォルダに放り込めばよいわけではありません。国税庁は保存時の要件として、記録の改ざんを防ぐ措置（真実性の確保）と、必要なときに探して読める状態にしておくこと（可視性の確保）の2つを求めています。専用システムがなくても満たせる方法があるため、要件を把握してからツールを検討する順番が現実的です。なお保存するファイル形式は問われず、PDFやスクリーンショットでも構いません。
改ざん防止のための措置
次のいずれかを選びます。複数を組み合わせる必要はありません。
| 方法 | 向くケース |
|---|---|
| データの授受後にタイムスタンプを付与する | 対応サービスをすでに使っている |
| 訂正削除の履歴が残る、または訂正削除ができないシステムで授受・保存する | 会計・経費精算クラウドを導入済み |
| 改ざん防止のための事務処理規程を定めて守る | システム費用をかけずに始めたい |
国税庁は3つ目の事務処理規程を、システム費用等をかけずに導入できる方法として案内し、サンプルをホームページで公開しています。規程を作れば終わりではなく、定めた内容を実際に守ることが要件です。運用されていない規程は、要件を満たしたことになりません。
見られる状態にしておくための要件
保存場所にディスプレイやプリンタ等を備え付け、税務職員に指定されたデータを速やかに出力できるようにしておく必要があります。加えて、取引の「日付・金額・取引先」で検索できること。さらに原則としては、日付または金額について範囲を指定した検索ができること、3項目のうち2つ以上を組み合わせて検索できることも要件に含まれます。
検索機能というと専用システムが必要に見えますが、国税庁は簡易な方法を2つ示しています。1つは表計算ソフトで索引簿を作り、その検索機能を使う方法。もう1つは、ファイル名に規則性をもって日付・金額・取引先を入力し、特定のフォルダに集約する方法です。後者は「20260331_110000_株式会社◯◯.pdf」のように名前を付ける運用で、ツールを増やさず始められます。索引簿のサンプルも国税庁のホームページにあります。
検索要件が不要になる条件と、猶予措置の位置づけ
要件の説明だけを読むと負担が重く感じますが、実際には中小企業向けに軽減の入り口が用意されています。これを知らずに高機能なシステムの検討から入ると、必要のない投資になりかねません。以下は2026年9月時点の内容で、改正で変わり得ます。運用前に国税庁の最新資料と税理士への確認をおすすめします。
税務調査等の際に電子取引データの「ダウンロードの求め」に応じられるようにしている場合、範囲指定検索と項目の組み合わせ検索は不要になります。そのうえで、次のイまたはロに当てはまる事業者は、検索機能の確保そのものが不要とされます。
- イ 基準期間（2年（期）前）の売上高が5,000万円以下であること
- ロ 電子取引データをプリントアウトした書面を、日付および取引先ごとに整理された状態で提示・提出できるようにしていること
イの売上高基準は、令和5年度税制改正で1,000万円以下から5,000万円以下に拡大されました。ロは同じ改正で追加された選択肢で、規模にかかわらず使えます。いずれもダウンロードの求めに応じられる状態が前提です。自社がイに当てはまるかは基準期間の判定が絡むため、決算書を手元に置いて税理士と確認するのが確実です。
猶予措置は「紙だけでよい」という意味ではない
令和4年度税制改正で設けられた宥恕措置は、適用期限である令和5年12月31日をもって廃止されました。代わりに令和6年1月1日以後にやりとりするデータには、新たな猶予措置が整備されています。次の2つをいずれも満たす場合、改ざん防止や検索機能など保存時に満たすべき要件に沿った対応は不要となり、データを単に保存しておくことができるとされています。
- 要件に従って保存できなかったことについて、所轄税務署長が相当の理由があると認める場合（事前申請等は不要）
- 税務調査等の際に、データの「ダウンロードの求め」と、プリントアウトした書面の提示・提出の求めに、それぞれ応じることができるようにしている場合
誤解しやすいのは、猶予措置の適用を受ければ紙の保存だけで済む、という読み方です。免除されるのは要件に沿った保存方法であって、データを保存すること自体ではありません。ダウンロードの求めに応じる必要がある以上、元のデータは残さなければなりません。前の宥恕措置ではダウンロードの求めに応じる必要がありませんでしたが、新しい猶予措置では必要になった点も国税庁が注意を促しています。
また「相当の理由」は無条件に認められるものではありません。国税庁は、システム等の整備が間に合わない場合などを例として挙げる一方、整備が整っていて原則的なルールに従って保存できるにもかかわらず、資金繰りや人手不足等の特段の事情がなく保存していないケースは相当の理由と認められない、と明記しています。
紙とデータが混在する場合の運用の考え方
多くの中小企業では、紙で届く請求書とメールで届くPDFが並存しています。全社一斉にどちらかへ寄せる必要はなく、受領方法ごとに保存先を決めるほうが現実的です。判断の軸は「どう受け取ったか」であって「どの取引先か」ではありません。取引先単位で決めようとすると、同じ相手から紙とデータの両方が届いた瞬間に運用が崩れます。
| 受け取り方 | 保存の扱い |
|---|---|
| 紙で受領した | 紙のまま保存する。スキャナ保存を選べば画像データでの保存も可能（任意） |
| データで受領した | 電子取引データ保存の対象。データを残す必要がある |
| 自社からデータで送った | 送った側も電子取引データ保存の対象 |
同じ内容の書類を紙とデータの両方で受け取ったときの扱いを、国税庁は一問一答で次のように整理しています。電子データと書面の内容が同一で、書面を正本として取り扱うことを自社内等で取り決めている場合には、書面の保存のみで足ります。ただし、書面の取引情報を補完する情報がデータ側に含まれているなど内容が同一でない場合は、両方の保存が必要です。紙の請求書に加えてメール本文で詳細を補足しているケースが後者にあたります。自社の取り決めをどう書き残すかも含め、税理士に確認しておくと安全です。
なお、電子取引データをプリントアウトした書面をスキャナ保存することは認められません。データで受け取ったものは紙を経由させず、そのまま残すのが原則です。
保存期間は電子帳簿保存法ではなく、所得税法や法人税法など各税法の定めに従います。法人の場合、帳簿・書類ともに原則7年で、欠損金額が生じた事業年度は10年です。消費税の仕入税額控除の要件として保存すべき請求書等や、適格請求書発行事業者が交付した適格請求書の写し等は7年間とされています。この点はインボイス制度の登録方法と対応すべきことと合わせて確認すると、請求書まわりの整理が一度で済みます。
中小企業が現実的に取れる進め方
制度の全体像を把握したあとに必要なのは、システム選定ではなく、自社の書類がいまどこにあるかの棚卸しです。順番を逆にすると、導入したツールでカバーできない経路が後から見つかり、二重管理が発生します。人手が限られる組織ほど、既存の道具でどこまで回るかを先に見極めるほうが定着します。
- 電子取引の経路を洗い出す。メール、取引先ポータル、クラウドサービス、EDI、ペーパーレスFAX、カード明細など、データの入り口と出口を一覧にします。
- 部署をまたいで確認する。経理だけでなく、営業の見積・注文書、人事の雇用契約書、総務の各種契約が対象になり得ます。
- 検索要件の緩和や猶予措置に当てはまるかを、基準期間の売上高などから税理士と判定します。
- 改ざん防止の方法を1つ選ぶ。会計・経費精算クラウドを使っているならその機能を、使っていなければ事務処理規程を検討します。
- 保存先とファイル名のルールを決め、誰が保存するかまで含めて周知します。
- 数か月運用してから見直す。実際に探せるか、保存漏れがないかを確かめ、必要ならツール導入を検討します。
棚卸しで見えてくるのは、取引データが会計ソフトだけでなく、顧客管理システムや受発注システム、営業担当者のメールボックスなど複数の場所に散っている状態です。どのシステムが何を持っているかを整理する作業は、顧客情報や取引履歴の管理を見直す作業とほぼ重なります。取引先ごとの情報が担当者のメールに閉じている状態を解消したい場合は、CRM導入支援のように選定から社内定着まで含めて設計する進め方もあります。
紙の削減そのものを目的にすると現場の負担だけが残りやすいため、保存義務への対応と業務の見直しは分けて考えるのが安全です。全社的に紙を見直す段階ならペーパーレス化の進め方と導入手順が、契約書をデータへ寄せるなら電子契約サービスの比較と選び方が参考になります。
判断の根拠に置きたい一次情報
制度の解説記事は数多くありますが、要件の細部は税制改正で動きます。二次情報だけを根拠に社内ルールを固めると、改正後に古い前提のまま運用が残ります。判断の根拠は一次情報に置き、記事や解説は理解の補助として使うのが安全です。次はいずれも国税庁が公開している資料で、無料で参照できます。
- 電子帳簿保存法関係（国税庁） — 制度の概要、関係法令・通達、一問一答への入り口
- 電子帳簿等保存制度特設サイト（国税庁） — 取扱通達、Q&A、各種サンプル
- 電子帳簿保存法の内容が改正されました（国税庁・PDF） — 令和5年度税制改正の概要
本記事は制度の一般的な説明です。自社の売上規模がどの基準に当たるか、特定の書類が保存対象になるか、猶予措置の「相当の理由」に該当するかといった個別の判断は、顧問税理士または所轄の税務署へご確認ください。
よくある質問
電子取引データを保存していないと、すぐに青色申告の承認が取り消されますか
国税庁は、要件に従って保存されていない場合は取消対象となり得るとしたうえで、取消しは違反の程度等を総合勘案し、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかを検討して判断している、と説明しています。また、取引が正しく記帳されて申告に反映され、保存すべき取引情報の内容が他の資料から確認できる場合には、特段の事由がないのに直ちに承認が取り消されるものではない、とも記載されています。とはいえ保存義務は変わりません。個別の状況は税理士に相談してください。
スキャナ保存をしないと法令違反になりますか
なりません。スキャナ保存は希望する事業者だけが選ぶ制度で、紙で受け取った書類を紙のまま保存する運用に問題はありません。導入する場合は、読み取り時の解像度や階調、入力期間の制限、重要書類と一般書類の区別など、電子取引データ保存とは別の要件を満たす必要があります。詳細は国税庁の一問一答（スキャナ保存関係）で確認してください。
専用のシステムを買わないと対応できませんか
必ずしも必要ではありません。改ざん防止は事務処理規程を定めて守る方法が認められており、検索は索引簿やファイル名の付け方で対応する簡易な方法が国税庁から示されています。自社の取引件数と担当者の人数を踏まえ、手作業で回るかを試してから投資を判断するほうが無駄が出にくくなります。手作業が破綻し始めたら会計・経費精算クラウドを検討する順番で問題ありません。
インボイス制度への対応とは別に考える必要がありますか
制度としては別ですが、対象書類は重なります。インボイス制度は消費税の仕入税額控除に関する制度で、適格請求書の記載事項や登録番号の管理が中心です。電子帳簿保存法は保存方法の制度です。電子データで適格請求書をやりとりするなら両方を満たす必要があるため、請求書の様式変更と保存ルールの整備は同時に検討するのが効率的です。
保存したデータのバックアップは必要ですか
法令上の要件とはされていませんが、国税庁はバックアップデータを保存することが望まれる、としています。保存期間は法人で原則7年、欠損金額が生じた事業年度は10年と長期です。パソコンの買い替えや退職者の端末整理でデータが消えるのを避けるため、保存先は個人の端末ではなく共有の場所に集約しておくと安全です。
まとめ
- 3区分のうち電子帳簿等保存とスキャナ保存は希望者のみ。電子取引データ保存は法人・個人事業者とも対応が必要
- 対象は、紙なら保存が必要だった書類に相当する情報をデータで授受した場合。送信も対象だが、紙をデータ化する義務はない
- 要件は改ざん防止の措置と、日付・金額・取引先で探せる状態の確保。事務処理規程や索引簿で費用をかけずに始められる
- 基準期間の売上高5,000万円以下、または書面を日付・取引先ごとに整理して提示できるなら検索機能は不要
- 猶予措置が免除するのは保存方法であって、データ自体の保存は必要
- 着手はシステム選定ではなく、データの入り口と出口の棚卸しから。経理以外の部署も対象になる
- 個別の判断は国税庁の公表資料を確認したうえで、顧問税理士または所轄の税務署へ相談する
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